Bij de start van de conferentie komen alle deelnemers aan in Maastricht, waar ze zich verzamelen bij hun commissievoorzitter. Wanneer alle commissies compleet zijn starten ze ter kennismaking per commissie met een teambuilding. Deze teambuilding bestaat uit een speurtocht door de historische hoofdstad van Limburg. Voor een geslaagde conferentie is een goede teambuilding van groot belang, omdat de leden van een commissie binnen enkele uren tijdens de commissievergaderingen goed moeten kunnen samenwerken en elkaar bij het onderhandelen moeten kunnen doorgronden. Bij aankomst kennen de commissieleden elkaar echter nog niet, ze vertegenwoordigen immers allen een ander land in hun commissie en zijn dus van verschillende Limburgse scholen afkomstig.
Na de teambuilding hullen de deelnemers zich in formele kleding om zich vervolgens voor de commissievergaderingen te verplaatsen naar de vergaderlocaties. Gedurende de eerste twee dagen van de conferentie wordt er binnen de verschillende commissies over actuele onderwerpen vergaderd binnen een vooraf opgesteld kader van politieke problemen (het commissievraagstuk).
Bij aanvang van de commissievergaderingen wordt door de verschillende lidstaten onderhandeld over de te behandelen problemen die binnen het commissievraagstuk passen, deze problemen worden geformuleerd in zogenaamde informatieve clausules (IC’s). Vervolgens wordt er tijdens de commissievergaderingen gezocht naar oplossingen voor deze problemen, deze compromissen worden geformuleerd in zogenaamde operatieve clausules (OC’s). Tastbaar resultaat van de Limburgse MEP Conferentie vormen dan ook de resoluties waarin de commissies hun vaak lang verwogen compromissen hebben opgeschreven en waarover het parlement op de laatste dag van de conferentie tijdens de plenaire vergaderingen vergadert.
Tijdens de eerste namiddag worden de commissievergaderingen onderbroken voor de officiële opening van de Limburgse MEP Conferentie, welke evenals de plenaire vergadering van het Model European Parliament op de laatste dag van de conferentie, plaatsvindt in de Provinciale Statenzaal van het gouvernementsgebouw in Maastricht. De Statenzaal, waar in 1992 het verdrag van Maastricht is getekend, geeft zonder meer een extra dimensie aan de Limburgse MEP Conferentie.
Tijdens de officiële opening zal de voorzitter van de stichting de deelnemers toespreken, waarna enkele sprekers het woord richten aan het nieuwe parlement. Na het officiële openingswoord is het aan de delegatieleiders van de verschillende schooldelegaties om in een landenspeech de EU-lidstaat die zij vertegenwoordigden en de delegatie en school die zij representeren voor te stellen aan het parlement. Na afloop van de opening en gedurende de daaropvolgende dag worden de commissievergaderingen voortgezet.
Wanneer de commissievergaderingen ten einde zijn en de resoluties zijn verspreid, worden tijdens de delegatievergaderingen de verschillende resoluties grondig door de ‘deelnemende landen’ bestudeerd en bereiden de delegaties zich voor op de plenaire vergadering. Geleidelijk maakt het compromiszoekende gevoel dat zich de afgelopen dagen gemanifesteerd heeft dan plaats voor ‘landsbelang’, máár met nog steeds de bereidheid tot goede compromissen te komen ter verbetering van de huidige situatie.
Na de delegatievergaderingen word er dan ook nog enthousiast gelobbyd met andere landen, met als doel medestanders te vinden voor eventuele amendementen die tijdens de plenaire vergaderingen zouden kunnen worden ingebracht en, mits vervolgens bij meerderheid aangenomen door het parlement, de resoluties in het voordeel van de ondertekenende landen doen aanpassen.
De plenaire vergaderingen vinden plaats op de vierde en vijfde dag van de Conferentie. Tijdens de plenaire vergaderingen van het Model European Parliament leggen de commissies hun resoluties voor aan het parlement, waarna zij door het parlement aan de tand worden gevoeld en het parlement onderling debatteert over het al dan niet aannemen of verwerpen van de in behandeling zijnde resolutie. Dit alles volgens de gebruikelijke protocollen zoals die ook van toepassing zijn in Brussel of Straatsburg, zo wordt er bijvoorbeeld voortdurend via de voorzitter gesproken.
Na het voorlezen van de OC’s, een speech door de commissie voor hun resolutie, de beantwoording van informatieve vragen, de eventuele behandeling van een amendement, een eventuele speech tegen de resolutie, een pittig open debat en een laatste speech door de commissie voor de resolutie, is het dan zo ver. Het parlement bepaalt bij meerderheid van stemmen of de resolutie wordt aangenomen of verworpen.
